Existen pruebas, de que en la antigua Lydia (ahora es la región Anatolia de Turquía) ya 6000 años A.C. valoraron los efectos de la hipoterapia.
La investigación sistemática de esta modalidad terapéutica comenzó en 1875, en Francia. Dr. Chassaign encontró, que sus pacientes que padecían de desórdenes neurológicos, mostraron una mejora considerable en cuanto su postura, balance, movimiento de las articulaciones, y su bienestar psicológica.
En 1952 una jinete danesa sorprendió al mundo, cuando ganó la Medalla de Plata en doma clásica en los Juegos Olímpicos. Según Liz Hartel, que anteriormente sufrió de poliomyelitis, y perdió el control de sus piernas, su terapeuta era su propio caballo.
Ganó más fama la hipoterapia, cuando James Brady se recuperó de un trauma cerebral. Brady era secretario de prensa del presidente de EEUU, Ronald Reagan, y sufrió la lesión durante un ataque de asesinato que fue dirigido a Reagan. Según el, su Haflinger le ayudaba a recuperar su motricidad.
Después de esto, en Estados Unidos aumentó notoriamente el interés por la investigación de las calidades terapéuticas del caballo. Se fundó la organización nacional de los estandares de la certificación para la equitación terapéutica (NARHA).
Hay mucha confusión acerca de las diferentes formas de la equitación terapéutica. Según NARHA, hay dos tipos de actividades. El primer tipo es la equitación terapéutica, la que pueden realizar instructores con un nivel básico de conocimiento, y certificación. La segunda forma el la Hipoterapia Clásica, la que pueden ejercer sólo profesionales de rehabilitación, o terapeutas.
Uno de los pioneros de este trabajo es Jan Spink. Él combinaba los conceptos fundamentales de la medicina, psicología, educación, y de las disciplinas de la equitación. Él tenía un enfoque „mind-body”, o sea, cuerpo y alma como aspectos del mismo sistema.
Hoy en día proliferan las escuelas de equitación, las que ofrecen hipoterapia. Cuando uno se dirige a ellos, primero hay que preguntar, qué tipo de certificación tiene el entrenador, o terapeuta.